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Delta和Omicron的混血兒"Deltacron"身世成謎

來源:生物探索作者:人氣:-發表時間:2022-01-13 13:50:00【
Kostrikis表示Deltacron結合了Delta和Omicron的基因,可能來自同時感染Delta和Omicron的患者。該項研究的25個突變樣本采集自塞浦路斯,其中11個樣本采集自住院新冠患者,14個樣本采集自普通感染人群。相較而言,住院患者樣本的突變頻率更高,這可能意味著 Deltacron 與住院治療之間存在相關性,因此,Deltacron的致病性和傳染性需要引起重視。此外,針對Deltacron的研究數據已于1月7號提交給GISAID全球數據庫。
GISAID全球數據庫中數據來源地區比例(圖源:GISAID官網)
新冠病毒重組變異體的出現,引起了廣泛關注,一些專家針對該變異體的真偽展開了討論。蒙特利爾麥吉爾大學健康中心研究所的遺傳學家 FatimaTokhmafshan在推特上表示病毒并不是重組的而是實驗室污染所致,通過查看塞浦路斯最近提交的GISAID聚類和突變譜并沒有發現突變共識;世衛組織 Covid專家Krutika Kuppalli 博士對此表示贊同,她在推特上表示在Delta 樣本中檢測到的Omicron組分,可能是因為樣本在實驗室受到污染導致的測序偽影所致,而非出現新的重組病毒;與此同時,倫敦帝國理工學院的病毒學家Tom Peacock博士也在推特上表示媒體報道的Deltacron序列明顯是樣品受到污染導致的。別的專家也看過Deltacron的序列信息,我們得出了一致結論:Deltacron看起來不像是真正的病毒重組,而更像是樣本污染的結果;另一位知名科學家-亞特蘭大埃默里大學傳染病專家Boghuma Kabisen Titanji博士持謹慎態度,并在周日發推文表示關于Deltacron 的結論,仍需持謹慎態度,而目前可用的信息均指向樣本的污染,而不是delta和omicron 的真正重組。
在此之前,針對新冠病毒的基因重組,已有報道。2021年10月11號發表于Medrxiv,名為“Genome Recombinationbetween Delta and Alpha Variants of Severe Acute Respiratory SyndromeCoronavirus 2 (SARS-CoV-2)”的文章報道了在日本發現的Delta和Alpha的重組變異體(AY.29+B.1.1.7)。通過Nexstrain對這一發現的數據進行系統進化樹分析證實了該重組病毒序列可在同一個簇中找到。然而通過對Deltacron的數據進行同樣的分析時發現其幾乎分布在每個分支,并沒有日本發現的重組病毒的簇狀分布特征。
除此之外,在其他Delta分支中具有 Omicron 的完整ARTIC引物測序擴增子,這是ARTIC引物方案中擴增子72的失敗導致的,因為這些序列中的所有 Omicron突變(即A67V、H69_V70del、T95I、G142D、V143_Y145del)都在該擴增子中,然而來自其他樣品的低水平污染物填補了空白,因此重組擴增子的可能性約為0。
研究成果(圖源:Medrxiv)
日本報道的Delta和Alpha重組變異體的系統進化樹分析(圖源:Nexstrain)
塞浦路斯報道的Delta和Omicron重組變異體的系統進化樹分析(圖源:Nexstrain)
ARTIC引物方案中72擴增子(圖源:ARTIC)
針對專家們的質疑,Kostrikis在1月9號聲明Deltacron的出現并不是單一重組事件,而是新冠病毒因適應環境而進化的突變,采集到的樣本不僅在塞浦路斯的實驗室進行了檢測,也在其他國家的實驗室進行了檢測,并且以色列的實驗室也檢測出了Deltacron的重組特征。住院患者的Deltacron感染率明顯高于非住院患者,這也側面排除了樣品污染假設。與此同時,他的團隊除了最初的25份Deltacron樣本之外,又發現了52例重組樣本。
針對于此,Tom Peacock表示Omicron的流行時間無法讓其產生任何重組體,系統進化樹也表明Deltacron沒有聚集特征,而真正的重組變異會有共同的簇。Tokhmafshan 指出如果原始樣品在采集處理時就已經被污染,即使把它送到其他10個實驗室,那是同一個樣品,他們會得到相同的結果。如果以色列的實驗室給出了同樣的檢測結果,那么以色列的樣品是否在其他地區獨立采集的,并且得到了與塞浦路斯同樣的結果?截至本次發稿,Kostrikis并未做任何回復。
Deltacron的真偽仍需持續觀察,客觀來說,全球持續傳播的delta和omicron仍存在重組的可能性,復制其基因的酶存在一種傾向即從它復制的RNA鏈上滑落,然后在落點處重新連接。當同時感染delta和omicron時,這種重組的概率將大大增加。
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