利用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)可視化觀察組織中的基因表達(dá)
在一項(xiàng)新的研究中，來自瑞典卡羅琳斯卡研究所和皇家理工學(xué)院等機(jī)構(gòu)的研究人員開發(fā)出一種新的被稱作空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一種組織中哪些基因是有活性的。這種方法能夠被用于所有類型的組織中，而且在臨床前研究和癌癥診斷中是有價(jià)值的。相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在2016年7月1日那期Science期刊上，論文標(biāo)題為“Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics”。
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究組織中基因活性
疾病改變組織中RNA分子和蛋白表達(dá)。為了獲得關(guān)于疾病的更多知識(shí)和優(yōu)化診斷方法，對組織樣品進(jìn)行顯微研究經(jīng)常在實(shí)驗(yàn)室和醫(yī)院中開展，但是迄今為止，科學(xué)家們只能夠同時(shí)確定少量RNA分子的位置。
在這項(xiàng)新的研究中，來自瑞典卡羅琳斯卡研究所的Jonas Frisén教授團(tuán)隊(duì)與來自瑞典皇家理工學(xué)院的Joakim Lundeberg教授團(tuán)隊(duì)合作開發(fā)出一種新的方法，能夠分析所有RNA分子的數(shù)量，并且利用顯微鏡提供它們的空間信息。
Frisén教授說，“通過將組織切片放在載玻片上，在其上面，我們將DNA鏈與內(nèi)置的地址標(biāo)簽放在一起，這樣我們就能夠?qū)钚曰虍a(chǎn)生的RNA分子進(jìn)行標(biāo)記。當(dāng)我們分析組織樣品中的RNA分子存在時(shí)，這些地址標(biāo)簽指示著這些RNA分子存在于組織切片中哪些地方，以及我們能夠獲得在哪些地方不同的基因是有活性的高分辨率信息。”
這些結(jié)果也在更加精確的診斷中是有價(jià)值的。當(dāng)前的診斷方法是獲取一種組織樣品，將它磨碎，分析細(xì)胞混合物，但是其風(fēng)險(xiǎn)在于一些癌細(xì)胞被來自樣品中所有的其他細(xì)胞的信號(hào)稀釋掉，因而被忽略掉。
他繼續(xù)說道，“利用我們的方法，我們能夠獲取腫瘤信號(hào)，而且不會(huì)被稀釋掉。鑒于組織樣品中的不同部分都有它們的特異性地址標(biāo)簽，我們能夠鑒定少量的腫瘤細(xì)胞。”研究人員利用小鼠腦瘤和人乳腺癌樣品證實(shí)了這一點(diǎn)。
這種方法能夠用于所有類型的組織和疾病中。它也能夠提供關(guān)于癌癥診斷中的疾病異質(zhì)性的信息，就像在研究人乳腺癌樣品時(shí)所證實(shí)的那樣。
Frisén教授說，“它使得比以往更高分辨率和更精準(zhǔn)地研究哪些基因在組織中是有活性的成為可能，而這在基礎(chǔ)研究和診斷中是有價(jià)值的。”
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