如何選擇NGS自動化系統(tǒng)？

來源：生物谷作者：人氣：-發(fā)表時間：2015-02-27 08:23:00【大中小】

大規(guī)模NGS應(yīng)用帶來不僅僅是技術(shù)上的革新，相對傳統(tǒng)更加復(fù)雜和精細(xì)操作，注定了這一技術(shù)將會更多地依賴自動化設(shè)備來完成。作為臨檢機構(gòu)和近期崛起的眾多第三方檢測公司，在將NGS設(shè)備收入囊中之后，必然要考慮開始自動化樣品制備系統(tǒng)的投入。只有將整個樣品準(zhǔn)備流程通過可靠的系統(tǒng)來完成，才能真正配得上是高質(zhì)量的NGS檢測流程。

★ 那么問題來了，什么才是一套稱職的自動化系統(tǒng)？

作為一套符合標(biāo)準(zhǔn)的NGS樣品制備系統(tǒng)，最基本的要求就是能夠提供符合標(biāo)準(zhǔn)的文庫DNA，以濃度和片段大小作為考核的標(biāo)準(zhǔn)。

而決定這一切的是試劑添加的精度。作為文庫構(gòu)建每步反應(yīng)不可少的步驟，就是那微乎其微的幾微升試劑所包含的酶或其他成分所帶來的神奇而又精妙的變化。所以決定因素是最最基本的液體轉(zhuǎn)移精度，尤其是10μL級別以下的精度。

★ 那么問題又來了，翻看任何一款這類移液產(chǎn)品的單冊，大家都會看到每個廠家的產(chǎn)品都提供了讓你精確到小數(shù)點后面N多位的精確度/準(zhǔn)確度。眼花繚亂怎么破？

不要過分相信精度參數(shù)！

借用移液行業(yè)老大Eppendorf公司被奉為移液寶典的指導(dǎo)手冊里面的一句話--任何移液精度都是由眾多因素共同決定，而其中作為核心一條的就是各種屬性不同的液體需要區(qū)別對待，不能一視同仁！所以，想要在實際處理過程中輕松應(yīng)對各類液體樣品，沒有幾十年的移液產(chǎn)品生產(chǎn)經(jīng)驗，一般廠家是不明白個中奧妙的。所以，因為某些系統(tǒng)只能處理最單純的水，那么所列的參數(shù)也就只能看著呵呵。

一個合格的系統(tǒng)，不但能自動完成把試劑轉(zhuǎn)移到指定的目的地，還要像手工操作一樣靈活處理各類粘性、揮發(fā)性樣品，甚至還能做些更加人性化的吹吸混勻操作等，這樣的系統(tǒng)才能堪稱技術(shù)層面稱職的自動化系統(tǒng)。

同樣的原因，基于液壓式系統(tǒng)的不穩(wěn)定表現(xiàn)，在這方面也遠(yuǎn)遜于氣壓原理的系統(tǒng)。原因嘛，只要看看實驗臺上面的Eppendorf移液器就能明白了。更不用提某些在工作時"難舍最后一滴"的大型自動移液設(shè)備，簡直是反面教材的典型啊。

★ 大通量測序最怕什么？污染！

紛繁復(fù)雜但又有條不紊的高通量實驗必須是安全的，任何交叉污染和攜帶污染的風(fēng)險必須被降到最低。沒有最基本的防污染措施的自動化系統(tǒng)就是一枚定時炸彈！在這方面，可以參考各個廠家提供的各類安全舉措，例如：非接觸加液、設(shè)備滅菌處理、是否內(nèi)置空氣過濾或是帶有紫外功能。當(dāng)然，為了躲避傳統(tǒng)氣溶膠污染殺手，帶有濾芯的耗材也是自動化系統(tǒng)的首選。

防止意外情況發(fā)生的貼心安全設(shè)計是考驗一個廠家良心的時刻，因為這些設(shè)計為用戶帶來的防護(hù)是無法用簡單的參數(shù)能表達(dá)的。

任何自動化產(chǎn)品用戶的噩夢都會包含以下場景：樣品在試驗過程中被凌空拋下；工作至一半時試劑不足；磁珠被槍頭吸出；設(shè)備機械臂行走過程中"撞墻"等等。

要實現(xiàn)真正讓用戶無憂的全自動NGS樣品制備，一臺自動化工作站需要具備德國汽車工業(yè)級別的周全安全設(shè)計。比如自帶安全檢測功能，還有堅固穩(wěn)定的硬件設(shè)計。只有那些真正設(shè)計齊全的產(chǎn)品，就算讓你花寶馬奔馳的價格，那也是為實驗室配備了名副其實的寶馬奔馳級的產(chǎn)品。

再者，細(xì)節(jié)見真章。好的產(chǎn)品在細(xì)節(jié)上就可以看出廠家在設(shè)計之處煞費苦心。比如epMotion上的小小紅外傳感器，就像操作人員的眼睛一樣，能識別試劑的多寡，樣品的位置，甚至逆天到能探測出一根槍頭里面帶有濾芯或是槍頭盒里面還剩幾根槍頭。優(yōu)秀的產(chǎn)品僅僅從這樣這個小小功能就足以讓那些需要人員手工插槍頭的自動化設(shè)備汗顏的。

希望以上幾點對選擇一款真正稱職的NGS自動化系統(tǒng)有所幫助。