研究揭示誘導多功能干細胞中的基因突變
人誘導多功能干細胞(induced pluripotent stem cells,iPSCs)可以變成人體內任何類型的細胞,被認為具有無限的治療潛能,但是它們的基因突變情況還沒有被完全表征清楚。iPSCs從體細胞重編程獲得,而體細胞可能會由于接觸陽光照射和紫外輻射而產生許多基因突變。盡管全世界已經有超過1000種iPSCs,過去的研究也已經探索過iPSCs中的部分基因突變,但是還沒有研究完全描述iPSCs的基因突變情況。
在一項最近發表于《Cell Reports》上的研究中,來自加州大學圣地亞哥分校醫學院的研究人員對他們重編程獲得的18個來源于皮膚細胞的iPSCs細胞系進行了全基因組測序以找出其攜帶的基因突變。“iPSCs對于科學和醫學而言都是一個巨大的機會,但是要真正有效地使用它們,我們必須完全明白它們的基因突變情況。”UCSD遺傳醫學研究所和醫學院的Kelly A. Frazer教授說道。“如果我們能夠檢測到每個iPSCs細胞系都攜帶體細胞突變,那么我們就可以使用這些信息并根據不同的疾病來對這些細胞系進行排序。”
在他們的研究中,Frazer及其同事使用全基因組測序、轉錄組和表觀遺傳組學數據對18種iPSCs進行了表征。除了發現了兩種過去已經發現的體細胞突變(來自親代細胞的突變和復制導致的突變)之外,研究人員還發現了兩種新的突變:紫外照射導致的親代細胞的突變和子代細胞的突變。
研究人員發現盡管大多數突變處于表觀遺傳學區域,只涉及關閉的染色體且不改變基因表達,但是iPSCs重編程過程中子代細胞發生的突變出現在活性染色體并改變基因表達的概率增加。
參考資料:
Insights into the Mutational Burden of Human Induced Pluripotent Stem Cells from an Integrative Multi-Omics Approach, Cell Reports (2018). DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.091
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