蛋白質、糖蛋白、脂蛋白、酶類、補體、脂多糖、細菌外毒素和核酸等均為可溶性抗原，它們有相當部分來源于組織和細胞，成分復雜。制備這類免疫原時，首先須將組織和細胞破碎，然后再從組織和細胞勻漿中提取目的蛋白或其他抗原，提純的抗原需鑒定后才能用做免疫原。

1、酶處理法

溶菌酶、纖維素酶、蝸牛酶等在一定的條件能消化細菌和組織細胞。如溶菌酶對革蘭陽性菌的細胞壁有溶菌作用。酶處理法適用于多種微生物細胞的溶解，該方法具有作用條件溫和、內含物成分不易受到破壞、細胞壁損壞程度可以控制等特點。

2、凍融法

細胞主要因突然冷凍，細胞內冰晶的形成及胞內外溶劑濃度突然改變而破壞。其方法是將破碎的細胞置-15～-20℃冰箱內完全凍結，然后從冰箱取出，讓其在30～37℃中緩慢融化。如此反復兩次，大部分組織細胞及細胞內的顆粒可被破。此法適用于組織細胞，對微生物的細胞作用較差。

3、超聲破碎法

這是利用超聲波的機械振動而使細胞破碎的一種方法。進行超聲破碎時，需間歇進行，避免長時間超聲產熱，導致抗原破壞。也可將超聲粉碎的細胞置于冰浴降溫。超聲破碎細胞，方法簡單，重復性較好，且節省時間。微生物和組織細胞的破碎，均可采用此方法。

4、表面活性劑處理法

在適當的溫度、pH及低離子強度的條件下，表面活性劑能與脂蛋白形成微泡，通過細胞膜的通透性改變使細胞溶解。常用的表面活性劑有十二烷基磺酸鈉（SDS陽離子型），新潔爾滅，Triton X-100等。此方法作用比較溫和。在提取核酸時，常用此法破碎細胞。

1、超速離心法

用超速離心或梯度密度離心分離和純化抗原時，除個別成分外，極難將某一抗原成分分離出來，故只用于少數大分子抗原的分離，如IgM、C1q，甲狀腺球蛋白等，以及一些比重較輕的抗原物質如載脂蛋白A、B等。多數的中、小分子量蛋白質采用此種方法很難純化。

2、選擇性沉淀法

最常用的方法是鹽析沉淀法。由于各種蛋白質在不同鹽濃度中的溶解度不同，不同飽和度的鹽溶液沉淀的蛋白質不同，從而使之從其他蛋白分離出來。鹽析法簡單方便，可用于蛋白質抗原的粗提，丙種球蛋白的提取，蛋白質的濃縮等。鹽析法提純的抗原純度不高，只適用抗原的初步純化。

3、凝膠層析法

一種含有各種分子的樣品溶液緩慢地流經凝膠層析柱時，大分子物質不易進入凝膠顆粒的微孔，只能分布于顆粒之間，因此在洗脫時向下移動的速度較快，最先被洗脫。小分子物質除了可在凝膠顆粒間隙中擴散外，還可以進入凝膠顆粒的微孔中，洗脫時向下移動的速度較慢，隨后被洗脫。因此，蛋白質分子按分子大小被分離。

4、離子交換層析法

離子交換層析的原理是利用一些帶離子基團的纖維素或凝膠，吸附交換帶相反電荷的蛋白質抗原。當梯度洗脫時，逐步增加流動相的離子強度，使加入的離子與蛋白質競爭纖維素上的電荷位置，從而使吸附的蛋白與離子交換劑解離。

5、親和層析

親和層析是利用生物大分子的生物特異性，即生物大分子間所具有專一親和力而設計的層析技術。當樣品流經層析柱時，待分離的IgG可與SPA發生特異性結合，其余成分不能與之結合。將層析柱充分洗脫后，改變洗脫液的離子強度或pH值，IgG與固相基質上的SPA解離，收集洗脫液便可得到欲純化的IgG。親和層析法純化蛋白質抗原的主要優點是純度高，簡單快捷，但成本較貴。

1、含量檢測

蛋白含量的測定最準確的方法是凱氏定氮法，但由于要求有精密設備，故不適合一般實驗室。一般實驗室均采用分光光度計測量法。該法首先測定280nm和260nm的吸光度（A），再用經驗公式計算蛋白含量。

蛋白含量（mg/ml）=A280×1.45-A260×0.74。另外蛋白含量也可采用福林酚法。

2、分子量的鑒定

測定分子量一般采用SDS-PAGE電泳法。

3、純度鑒定

常采用區帶電泳法鑒定。

4、免疫活性鑒定

  常采用雙向瓊脂擴散試驗。

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